Az Európai Bíróság szeptember 6-án elutasította a magyar és a szlovák kormány beadványát, és úgy döntött, hogy a menekültek elosztásának 2015 szeptemberében elfogadott uniós programja törvényes.

A két kormány a keresetben kifejtette, hogy a menekültkérők elosztásának mechanizmusát nem támogatták egyhangúan az EU tagországai, ennek elfogadása nem volt jogszerű, sőt, a program alkalmatlan a menekültválság kezelésére, és nem is volt erre szükség.

Az Európai Bíróság ítéletében kimondta, hogy a menekültkérők elosztásának mechanizmusa a jogalkotási eljárás nélkül is elfogadható volt, ezért nem volt szükség a tagországok parlamentjének jóváhagyására, és nem volt szükség a tanácsi határozat egyhangú elfogadására sem.

Ez Európai Bíróság rámutatott, hogy nem lehet megkérdőjelezni a program jogszerűségességét visszamenőleges megfontolások alapján. A bíróság megerősítette, hogy a mechanizmus azért nem volt eredményes, mivel a tanácsi határozat elfogadásakor még nem lehetett előre látni egy sor tényezőt, különösen azt, hogy „egyes tagországok" nem lesznek hajlandóak együttműködni.