A Yuan dinasztia idején a Shaolin ismét felvirágzott. Hubilie a dinasztiai első császára Caodong ismert szerzetest bizta meg a templom vezetésével és ezzel az összes kinai templom irányitásával.

A Ming dinasztia idején a kungfu-t az egész világ megismerte, és 1522-1566 között a Shaolin templom neveltjei sokat harcoltak a kalózok ellen és kiváló harci eredményeket értek el a háborúkban. Ennek következtében a templom jelentősen kiépült. A ming dinasztia alkonyán azonban a Shaolin templom szerzetesei részt vettek a paraszt forradalmak elleni harcban, igy a felkelő seregek többször megtorló akciókat inditottak és ezek sorrán nagymértékben lerombolták a templomot..

A Qing dinasztiában Kangxi a hires császár fontosnak tartotta a Shaolin templom fejlődését, és saját kezűleg rajzolta meg a templom feliratát, a most is látható három kinai irásjegyet.

1928-ban Shi You-shan militarista tábornok felgyújttatta a Shaolin templomot, és ekkor több mint 200 épület és számos történelmi ereklye megsemmisült.

Az új Kina létrehozása után ujból felépült a templom, amelyet azonban a kulturális forradalom idején mégegyszer tönkretettek. 1983-ban országos jelentőségü templomnak minősitették a templomot, és ismét virágzásnak indult: ma több mint 200 buddhista szerzetes él itt.

A templomba belépve, több nagy fát és kötáblát láthatunk, amelyek hosszú történelmi mult és nagy események tanui voltak. A legöregebb fa már 1507 éve él, igaz, soha nem virágzik, azért Luohan fának nevezik.