Bármennyire is egészséges azonban a gyümölcslé, mégsem helyettesíti a gyümölcsöket.
Először is, a gyümölcslé előállítása során sok oldhatatlan rost, kalcium, magnézium benne marad a kidobott gyümölcsmaradványban, tehát a gyümölcslé soha nem lesz olyan tápláló, mint a gyümölcs.
Másodszor, a gyümölcslé hosszasan érintkezik a levegővel, emiatt a gyümölcslében maradt tápanyagokban csökken az antioxidánsok aránya.
Ezenkívül a gyümölcslét az ivás során nem kell rágni, ezért általában rövid idő alatt sok gyümölcslét szoktunk inni, márpedig a szerves savak erősen irritálják a beleket és a gyomrot. Néha a hideg gyümölcslé puffadást, hasfájást és hasmenést is okozhat. Ha azonban gyümölcsöt eszünk, akkor a folyamat sokkal lassabb, és a rágás során az étel hőmérséklete is csökken, ezért az így fogyasztott gyümölcs nem irritálja a beleket és a gyomrot. Emiatt a bél- és gyomorproblémás emberek számára ajánlatos kevesebb gyümölcslét fogyasztani, inkább egyenek több gyümölcsöt.